Transkrypcja u eukariotów, podobnie jak u prokariotów, polega na przepisaniu jednej z nici DNA, zwanej nicią matrycową, na RNA. Powstała cząsteczka RNA (transkrypt) ma sekwencję identyczną jak sekwencja drugiej nici DNA w tran-skrybowanym fragmencie, zwanej nicią kodującą. W przebiegu transkrypcji w komórkach eukariotów wyróżnia się trzy fazy: inicjację, elongację i terminację. W porównaniu z analogicznymi fazami transkrypcji wyróżnianymi u prokariotów są one bardziej skomplikowane i zawierają więcej wbudowanych mechanizmów regulacyjnych. Jest to zrozumiałe, biorąc pod uwagę znacznie większy stopień złożoności organizmów eukariotycznych, szczególnie tych wielokomórkowych, u których zachodzi proces różnicowania się komórek. U eukariotów niefotosyntetyzujących występują cztery różne rodzaje polimeraz RNA, z których każda odpowiedzialna jest za transkrypcję innego rodzaju genów. Jedna transkrybuje geny mitochondrialne, trzy pozostałe – geny jądrowe . U roślin występuje dodatkowo polimeraza RNA odpowiedzialna za transkrypcję genów chloroplastowych. Polimerazy RNA: mitochondrialna i chloroplastowa są mniejsze niż polimerazy jądrowe, pod względem budowy przypominają bardziej polimerazę RNA prokariotów. Obok polimeraz RNA zasadniczą rolę w transkrypcji u eukariotów pełnią czynniki transkrypcyjne.